南京所现有在职职工776人，其中中国工程院院士1名、高级职称198人、博士228人、硕士398人。享受国务院政府特殊津贴10人，国家“百千万”人才1人，环境?；ぷㄒ导际趿炀瞬偶扒嗄臧渭馊瞬?4人，形成了一支以知名专家为引领、各领域科研骨干为依托、青年科技人员为主体的创新人才队伍。

建所以来，共完成大、中型项目千余项，在国内外重要学术期刊上发表论文3200余篇，出版专著140余部，获得国家发明和实用新型专利1000余项，获国家和省部级科技进步奖85项?！笆濉逼诩洌仓鞒种贫┎⒂晒蚁喙夭课洳际凳┑墓一肪潮；け曜肌⒓际豕娣?、技术政策等200余项。

南京所主办的《生态与农村环境学报》(月刊)系生态环境部主管的中文核心期刊，学术影响一直在我国环境保护领域期刊中名列前茅，南京所与联合国环境署、世界自然保护联盟等10多个国际组织，以及美国、德国、荷兰、挪威等30多个国家开展了广泛的科研项目合作和人员交流。南京所和南京大学联合创办英文期刊Eco-Environment & Health，期刊以“大健康”理念为核心，关注生态、环境与健康的交互作用；重点聚焦生态与生物多样性保护，新污染物的环境归趋与生物过程，人体暴露与健康效应，环境风险的评价、管理与调控四个方向。

建所以来，南京所始终秉承“团结、奉献、求实、创新”的所训，积极参与国家和地方重大科研项目，已成为我国环境科技界的一支重要力量，为国家环境管理决策和深入打好污染防治攻坚战提供了有力的科技支撑，为各地的生态建设和污染防治提供了全方位的技术支持和服务。